Юный искатель и потенциальный герой. Впервые мы встречаемся с ним, когда он в буквальном смысле спит. Томас Андерсон — архетипический лентяй, чье пробуждение такая же неожиданность для него самого, как и для всех остальных. Пробуждаемый здоровой смесью любопытства и недовольства, Томас (следуя за белым кроликом) покидает раковину своего земного квазисуществования и благодаря этому узнает о себе правду. Его вопрос «Что такое матрица?» оказался гораздо серьезнее, чем он мог себе представить. На самом деле это вопрос всех вопросов: «Кто я?» Ответ на него: «Избранный». Нео/Томас — архетип двойственности, осовремененный, но, в сущности, тождественный тому, что известен по мифам: Гор и Сет, Локи и Тор, Каин и Авель, братья—добро и зло. Как и во всех мифах, чтобы выжил один из братьев, второй должен умереть, и вовсе не обязательно плохой. Подобно Авелю, Томас пассивен и потому слаб; в мифах, как и в природе, выживает не лучший, а сильнейший. Так как здесь разделено само сознание — одна душа в двух телах, правое и левое полушария мозга — смерти нет, только синтез. (Для левого полушария мозга, характеризующегося посредством отделения, синтез кажется смертью.) Томас пребывает в поиске и начинает его с Другого, сначала в лице Тринити, потом Морфеуса (и его Тени — агента Смита), а закончит, как и любой мифологический поиск, самим собой.
Морфеус
Если Нео — это тот, кто ищет знания, то Морфеус — тот, кто их дает. Он мудрец, благожелательный отец/гуру, учитель, который появляется в тот момент, когда ученик готов. Он олицетворение авторитета, дисциплины, руководства, силы, уверенности. Он в буквальном смысле существует за пределами реальности Томаса, в более высокой плоскости, и олицетворяет истинное или возвышенное «я» Томаса. Он (используя мобильный телефон) руководит Томасом, он его внутренний голос, который разъясняет ему, что есть что. (При первой встрече, пытаясь увести Томаса от Стражей Врат, он руководит его передвижениями, словно хореограф танцором.) Благодаря Морфеусу Томас устанавливает связь со своей подлинной индивидуальностью. Морфеус сообщает Томасу о том, что он Избранный. И все же неизбежно, что в какой-то момент их роли уравняются. Более того, будучи Избранником, Нео даже превосходит своего наставника, если не в мудрости, то в физической силе. «Плох тот ученик, который не превзойдет своего учителя».