Электронные книги с TFT — экранами имеют неблагоприятное влияние на зрение человека по аналогии с компьютером.
Относительно невысокое качество изображения, не сравнимое с бумажными книгами, изданными на дорогой высококачественной бумаге.
Как любые электронные приборы, устройства для чтения электронных книг гораздо чувствительнее к физическому воздействию (повреждению), чем бумажные книги.
Часть издателей выпускают электронную версию книги с задержкой. Часть книг вовсе официально не публикуется в виде электронной версии.
Высокая начальная стоимость.
Устройства для чтения электронных книг требуют периодической подзарядки встроенных аккумуляторов (батарей).
В части моделей используется DRM накладывающая ограничения, в том числе и на добросовестное использование, так применение DRM приводит к ситуации, что любую книгу на любом устройстве прочитать нельзя. Одним из ярких примеров было дистанционное удаление легально купленных книг с устройств пользователей.