В романе евангельский сюжет об Иешуа и Пилате представляет собою как бы роман в романе, являясь его своеобразным центром, потому что обращен к событиям нашей отечественной истории. Писателя тревожат вопросы: что есть истина- следование государственным интересам или ориентация на общечеловеческие ценности? Как появляются отступники, предатели, конформисты?
Диалоги Иешуа и Пилата проецируются на атмосферу 30 годов 20 века, когда личность беспощадно ущемлялась государством.
Нравственное отступничество Понтия Пилата свидетельствует о том, что в условиях любого тоталитарного режима, будь то императорский Рим или сталинская диктатура, даже самый сильный человек сможет выжить, преуспеть, лишь руководствуясь ближайшей государственной пользой, а не своими нравственными ориентирами. Но, в отличие от установившейся в истории христианства традиции, булгаковский герой не просто трус или отступник. Он обвинитель и жертва.
Выбор Понтия Пилата соотносится со всем ходом мировой истории, является отражением вечного конфликта между конкретно-историческим и вневременным, общечеловеческим.