Возглавляет Министерство министр юстиции. В его подчинении 7 заместителей.
В структуру Минюста входят:
Центральный аппарат
11 департаментов по основным направлениям деятельности
Департамент регистрации ведомственных нормативных правовых актов
Департамент организации и контроля
Департамент нормативно-правового регулирования, анализа и контроля в сфере исполнения уголовных наказаний и судебных актов
Департамент государственной службы и кадров
Департамент международного права и сотрудничества
Департамент конституционного законодательства
Департамент гражданского и социального законодательства
Департамент управления делами
Департамент по делам некоммерческих организаций
Департамент по вопросам правовой помощи и взаимодействия с судебной системой
Департамент законопроектной деятельности и мониторинга правоприменения
Уполномоченный Российской Федерации при Европейском Суде по правам человека – заместитель Министра и его аппарат
Отдел рассмотрения жалоб по уголовно-правовым вопросам
Отдел рассмотрения жалоб по гражданско-правовым вопросам
Отдел анализа прецедентной практики, организации и контроля исполнения решений
Отдел делопроизводства
Научный центр правовой информации государственное учреждение «Федеральное агентство по правовой защите результатов интеллектуальной деятельности военного, специального и двойного назначения»
Российская правовая академия
Федеральные казенные учреждения «Государственные юридические бюро»
Судебно-экспертные учреждения
Территориальные органы Министерства юстиции Российской Федерации
Подведомственные федеральные службы (органы исполнительной власти)
Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН России)
Федеральная служба судебных приставов (ФССП России)