Возможности сравнительной геномики и протеомики в исследовании происхождения эвкариот

Сравнительный анализ геномных и протеомных данных открывает большие возможности для реконструкции процессов «эвкариотической интеграции».

В настоящее время собраны и находятся в открытом доступе (в интернете) многочисленные и в значительной степени систематизированные данные по белковым и нуклеотидным последовательностям многих организмов, включая представителей всех трех надцарств: Archaea, Bacteria и Eukaryota. Такие базы, как COGs
(Phylogenetic classification of proteins encoded in complete genomes; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/), SMART(Simple Modular Architecture Research Tool; http://smart.embl-heidelberg.de/),Pfam(Protein Domain Families Based on Seed Alignments; http://pfam.wustl.edu/index.html),NCBI-CDD(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml)и другие предоставляют множество инструментов для поиска и сравнения полнотекстовых последовательностей белков и кодирующих их генов. Сравнения последовательностей осуществляются как у представителей одного вида, так и между разными таксонами.

Используя эти данные и аналитические инструменты, представляется возможным собрать и систематизировать достаточно массовый материал, который позволит установить, какие конструктурные и функциональные подсистемы эукариотической клетки были унаследованы от Archaea, какие – от Bacteria, а какие появились позже и являются уникальными для Eukaryota. В ходе подобного анализа можно также получить новые данные, касающиеся конкретных групп бактерий и архей, которые с наибольшей вероятностью могли участвовать в формировании первичной эвкариотической клетки.