Сульфатредуцирующие бактерии наносят определённый ущерб – разрушают материалы, неустойчивые к сероводороду. Бактерии разлагают нефтяные продукты, загрязняют сероводородом промышленный газ.
Деятельности сульфатредуцирующих бактерий – одна из причин коррозии металлического оборудования в анаэробной зоне.
Сероводород токсичен, поэтому при накоплении его в почве растительности быстро погибает.
Если сероводород образуется в водоёме, то гибнут водные растения и гидробионты.
В некоторых озёрах, лиманах и в открытом море на определённой глубине (в Чёрном море на глубине 200 м) сероводород накапливается в таком количестве, что полностью подавлять развитие большинства живых существ.
В то же время бактерии, восстанавливающие сульфаты, играют большую роль в геологических процессах. Они образуют сероводород H2S, участвующий в образовании серных руд. При окислении сероводорода серными бактериями появляются залежи серы промышленного значения. Сульфатредуцирующие бактерии участвуют и в образовании сульфидных руд.