Основными веществами, входящими в ее состав являются: вода(свободная и связанная), нуклеиновые кислоты (ДНК и РНК), белки, углеводы, липиды и минеральные соли. Свободная вода, являясь универсальной дисперсионной средой, участвует в метаболизме, связанная вода - определяет устойчивость клетки к физическим факторам. Нуклеиновые кислоты являются носителями наследственной информации. Белки входят в состав различных структур бактериальной клетки, являются составной частью ферментов, токсинов, антигенов, определяют отношение к красителям, лекарственным и дезинфицирующим веществам. Углеводы являются источником энергии, и, наряду с белками, могут определять специфичность бактерий. Липиды определяют заряд клетки и проницаемость мембран, устойчивость к кислотам, щелочам, спиртам, а также токсичность микроба.