Когда слоёв становится очень много и не помогают такие ухищрения, как наборы и связки слоёв, то на помощь приходит объединение слоёв в один слой. Эту команду необходимо использовать в тех случаях, когда работа над объединяемыми слоями уже завершена и пора подводить хоть промежуточный итог.
Для такого слияния, или как говорят более корректно, сведения слоёв применяется несколько команд из меню Layers.
Команда Merge Down - объеденяет активный слой с расположенным ниже слоем.
Команда Merge Linked - объеденяет все слои связанные с активным слоем (в ранних версиях программы до CS2)
Команда Flatten Image - объеденяет все слои и образует итоговый фоновый слой.
Команда Merge Visible - объеденяет все слои у которых не отключенно отображение (иконка с глазиком).