Концовка

Вертолёты успешно прилетают, начинается операция по эвакуации, во время которой на группу нападают многочисленные отряды зомбированных из группировки «Монолит». Далее ход сюжета зависит от игрока. Дегтярёв может улететь из Зоны на вертолёте, либо остаться (продолжить игру в режиме «Freeplay»), воспользовавшись впоследствии услугами проводников Лоцмана или Гарика, чтобы уйти из Зоны.

Концовка игры представлена слайдами. Игроку рассказывается судьба большинства ключевых персонажей, а также о дальнейшей жизни на посещенных локациях. Каждому персонажу или локации посвящено несколько секунд из финального ролика. Каждый слайд имеет несколько вариантов исхода событий. Содержание слайдов зависит от прохождения различных квестов.

] Дальнейшая жизнь на Затоне

Дальнейшая жизнь на Затоне зависит от выполнения игроком квеста по добыче артефакта «Компас».

§ Бандиты устанавливают свои порядки, Борода с группой сталкеров уходит в неизведанные части Зоны.

§ Сталкеры дают отпор бандитам и большинство бандитов во главе с Султаном покидают Затон.

§ Сохраняется равновесие, несмотря на попытки обеих сторон выжить друг друга с Затона.

] Лагерь на «Скадовске»

Судьба «Скадовска» и его обитателей зависит от выполнения квеста о уничтожении логова кровососов под ВНЗ «Круг».

§ Со временем кровососы наводняют Затон, начиная убивать сталкеров прямо у выхода со «Скадовска». Карательная экспедиция людей не смогла вырезать логово, и твари в итоге ворвались на «Скадовск», сделав его своим новым логовом.

§ В судне жизнь не меняется в отличие от самой Зоны.

Долг» и «Свобода»

Исход противостояний группировок «Долг» и «Свобода» на станции «Янов» зависит от того какой группировке отдавал предпочтение игрок при выполнении квестов.

§ «Свобода» уничтожает отряд «Долга».

§ «Долг» уничтожает отряд «Свободы».

§ Равновесие. Обе группировки решают отдохнуть от бессмысленных войн. Станция «Янов» остается зоной нейтралитета между «Долгом» и «Свободой». Многие бойцы обеих группировок пополнили ряды вольных сталкеров.