Было в учении Пифагора и много мистического, туманного и просто смешного не только для наших современников, но и для современников Пифагора. Среди такого рода доктрин было учение о бессмертии души, о посмертном переселении души человека в животных, о том, “что все рожденное вновь рождается через промежутки времени, что ничего нового на свете нет и что все живое должно считаться родственным друг другу”.
У пифагорейцев были специфические представления о природе и судьбе души. Душа - существо божественное, она заключена в тело в наказание за прегрешения. Высшая цель жизни - освободить душу из телесной темноты и не допустить переселения ее в другое тело. Для достижения этой цели необходимо выполнять моральный кодекс “пифагорского образа жизни”.
Из учения о переселении душ следовали и предписания, запрещающие убивать животных и питаться их мясом, так как в животном могла обитать душа умершего человека.
Многие весьма прохладно принимали эту часть пифагорейского учения и часто его осмеивали и приписывали иностранное влияние.