Существуют два пути узнавания инициирующего кодона

Терминальная инициация (характерна для эукариот), представляет процесс, при котором рибосома точно присоединяется к модифицированному (кэп) 5’-концу иРНК и перемещается по ней до тех пор, пока не обнаружит инициирующий кодон. В этом процессе участвуют специальные иРНК-связывающие белки, помогающие рибосомной частице узнать 5'-конец мРНК и двигаться вдоль цепи иРНК, используя энергию гидролиза АТФ для расплетания вторичной структуры иРНК и движения.

Внутренняя инициация, характерна для прокариот, В этом случае рибосома взаимодействует непосредственно с определенной последовательностью иРНК, содержащей инициирующий кодон независимо от 5'-конца иРНК и его удаленности от начала кодирующей последовательности. Этот способ обеспечивает инициацию трансляции сразу нескольких кодирующих последовательностей внутри одной иРНК более или менее независимо друг от друга. У прокариот, как уже упоминалось, очень часто одна цепь иРНК содержит несколько кодирующих последовательностей для различных белков [полицистронные мРНК]. В некоторых случаях эукариоты также могут использовать путь внутренней инициации