Президиуму НКСГ подчинялись полномочные представители Комитета в штабах фронтов, уполномоченные НКСГ в лагерях военнопленных, уполномоченные НКСГ в войсковых штабах и группы для нелегального использования.
Немцы из НКСГ носили немецкое оружие и форму (однако с нарукавной повязкой с надписью «Freies Deutschland»), их сбрасывали на парашюте, или они просачивались на вражескую территорию и распространяли там листовки, расклеивали плакаты, выполняли акции саботажа или засады и принимали участие в действиях партизан.
С 1943 года, с начала наступления против Третьего Рейха, СССР в больших масштабах использовал свои войска спецназначения для обучения партизан и координации их усилий с действиями сухопутных войск. В этот процесс были включены сотрудники НКСГ.
Роль войск специального назначения тут была двоякой: с одной стороны, речь шла о поддержке в глубине операций Красной Армии; с другой стороны, о формировании профессиональных кадров для партизанского движения и укреплении влияния партии при немедленном устранении контрреволюционных элементов. Здесь мы еще раз видим роль, подобную роли Чека в ходе Гражданской войны. Так, «специальные силы» («истребительные отряды») не ограничиваются тем, что устраняют коллаборационистов, но уничтожают и лидеров некоммунистических националистических движений. Эта их роль продолжится после поражения Третьего Рейха и подготовит приход народных демократий в Восточной Европе.
Холодная война