В ХУI - ХУН вв. крупнейшим административно-торговым центром Северного Поморья стали Холмогоры (Колмогоры). Как географический пункт они были впервые упомянуты в грамоте великого князя Ивана «к Двинскому посаднику на колмогоры» (1328 - 1340 гг.).
В ХУI - ХУН вв. все царские грамоты адресовались «на Двину, воеводе нашему» или «на Колмогоры, воеводе нашему». Однако со временем Колмогоры постепенно уступали свою роль в Поморье городу Архангельскому, а их название модифицировалось в «холмогоры».
Исторические части Холмогор хорошо исследованы археологами и историками. В комплекс «городских» построек входили: собственно «городою), или крепость (1540 г.), на котором был выстроен Спасский собор; посады, перечислешlые в писцовых книгах 1622 -1624 ГГ.: Курцевский, Глинский, Верхияя половина в Никольском конце и др.; торговые ряды, насчитывавшие в 1613 г. 316 лавок, 43 лавочных места, 72 амбара, 20 чуланов; острог между Курцевским и Глинским посадами (1621 г.), имевший 11 бревенчатых башен и стену протяженностью в «962 сажени с полусаженью», или в 2079 м. (сгорел в 1669 г.); Холмогорский город 1683 г. с башнями и стеной протяженностью в 822 сажени, или 953,5 м. Судя по плану начала ХУIII в., здесь находились воеводский двор, каменная «зелейная палатка» и деревянный Богоявленский собор, выстроенный полком Архангельского гарнизона. На Холмогорских посадах стояло 1О деревянных церквей, в каждом из пяти посадов, включая Западракурский, имел ось по теплому и холодному храму. На архиепископском дворе с мая 1683 г. началось крупное каменное строительство: колокольня (1683 - 1685 гг.), Спасо-Преображенский собор (освящен в июне 1691 г.), надвратная церковь Якова (1692 г.), «крестовая палата и архиерейские кельи» и т.Д. Спустя десятилетия, с переездом в Архангельск последнего двинского воеводЫ П.А. Голицына, назначенного первым архангельским губернатором (1710 г.), и архиепископского управления (1735 г.), Холмогоры превратились в тихий уездный город.
Афанасий, архиепископом Холмогорский и Важский
Афанасий, в миру Алексей Артемьевич Любимов-Тво(а)рогов, (1641 - 1702) был первым архиепископом Холмогорским и Важским (1682 – 1702гг.). Будучи последователем патриарха Никона, он жестко преследовал старообрядцев. По заказу владыки была составлена краткая редакция «Двинского летописца». В своей холмогорской резиденции Афанасий оборудовал первую на Севере астрономическую обсерваторию. В его библиотеке было собрано свыше ста печатных и рукописных книг. Глубоко интересуясь вопросами географии и народной медицины, Афанасий Холмогорский написал оригинальные труды. Холмогорский архипастырь стал одним из немногих православных иерархов, поддержавших реформы Петра 1. Велика его роль в укреплении северных рубежей в начальный период Северной войны.
Архангельск
На месте будущего города издавна, по преданию с ХН в., стоял Михайло-Архангельский монастырь, первое упоминание о котором в летописях относилось к 1419 г. Около монастырских построек и в «Низовской волости» располагались крестьянские селения (Лисостров, Княжостров, Уйма и др.). Наряду с ними в списке Двинских земель 1471 г. упоминалась Соломбала.
С середины XVI в. наладилась регулярная торговля со странами Западной Европы: сначала - с англичанами, затем - с голландцами и другими «немцами» (от «немой», не знающий русского языка).
В 1570 - 1580-х гг. с возросшей угрозой нападения скандинавских феодалов царское правительство предпринимает срочные меры для укрепления Беломорья. На Северную ДВину были посланы воеводы Петр Афанасьевич Нащекин (Злобин) (годы жизни в пределах XVI в.) и Алексей Никифорович Залешанин-Волохов (1541 - 1590), получившие от Ивана IV грамоту от 4 марта 1582 г. с одобрением «росписи и чертежа» будущей крепости в устье Северной ДВины. Воеводы-строители спешно, «одним годом», «поставили город круг Архангельского монастыря», а под стены архангельского Новогородка были переведены на сооруженную здесь же морскую пристань все торговые фактории англичан и голландцев (1585 - 1587 гг.). В 1587 г. сюда же принудительно переселили 130 семей «из Двинских посадов и волостей», образовавших Новохолмогорский посад. 12 февраля 1587 г. в город-крепость и посад прибыл первый двинской воевода В.А. Звенигородский. 26 марта 1596 г. это поселение впервые бьmо названо в документах Архангельским Городом, объединившим в своем составе как крепость, так и посад. С 1 августа 1613 г. это название утвердилось в связи с установлением административной независимости этого города от Холмогор.
Архангельскому городу была уготована необычная судьба в истории России. Недаром его жители до сих пор гордо называют себя «архангелогородцами», а не просто «архангельцами». Градостроительная ситуация Архангельска сложилась уже к началу ХУН в. На Пур-Наволоке, освоенном некогда монахами Михайло-Архангельской обители, стояла деревянная крепость, или собственно «город», в виде неправильного в плане треугольника стен с шестью башнями. Внутри крепости располагались монастырские храмы и кельи, перенесенные после пожара 1637 г. в местечко Нячеры, в пригороде Архангельска. Около крепости располагался посад с церковью Преображения Господня нашего Иисуса Христа, южнее посада шла стрелецкая слобода с 205 дворами. За слободой были выстроены ветряные мельницы. Севернее города, ниже по течению Двины, стояли две церкви - храм Воскресения Господа нашего Иисуса Христа и церковь Великомученицы Христовой Параскевы Пятницы. Здесь уже в конце XVI - начале ХУН в. располагался значительный торговый- центр поселения с русским гостиным двором и немецким двором. Впоследствии на месте Немецкого двора стала обустраиваться так называе мая «Немецкая слобода». Появились посадские улицы с названиями - Васильевская, Перечневая, Боровиковская и Понахина. Около «города» оформилась Спасская улица на «Рождественских болотах». В стрелецкой слободе появилась Пробойная улица (1622 г.), позднее названная Смирновской.
Ужасные по масштабам пожары в мае 1667 г. и в 1669 г. нанесли Архангельску огромный ущерб: сгорели деревянные крепость и гостиные дворы, а также много посадских и стрелецких дворов. Развернулось новое «городовое» строительство, и в 1668 - 1682 гг. в центре поселения появился новый деревянный острог, а на месте сгоревших гостиных дворов был сооружен огромный каменный Гостиный двор, состоявший из русского и немецкого дворов, разделенных Новой каменной крепостью. На плане Гостиных дворов конца ХУН в. была изображена «мостяная» дорога, проходившая по берегу реки, и один за другим по казаны «мост Аглицкий», «мост Галанский» и «мост Русский» с торговыми бревенчатыми лавками.
В это время через Архангельск в морской заграничной торговле приняли участие свыше семидесяти русских городов и земель. Только в 1653 г. через северный город-порт за границу было вывезено товаров на сумму в 1 млн 151 тыс. рублей, причем без учета вывоза пеньки и шелка.
Холмогоры стали уступать свое место как центра Поморья Архангельску.
Иноземная опасность
В XVI - начале ХУН в. возросла опасность захвата северных земель иностранными государствами. Европейские государства, переживавшие период бурного становления первоначального накопления, расширяли поиски новых рынков. Даже географические описания первых английских и голландских «открывателей» северных территорий России были использованы европейскими правителями для составления планов экспансии в ее «окраинных» землях. Так, например, немецкий авантюрист Генрих фон Штаден (Staden), бывший в числе опричников Ивана IV в 1565 - 1576 ГГ., после своего возвращения на родину написал в 1576 г. трактат «О Москве Ивана Грозного», в котором выдвинул проект завоевания Московского государства со стороны Колы и Онеги.
Традиционные враги России, шведы, предприняли ряд походов в северные земли страны. В разгар Ливонской войны королевство Швеция попыталось захватить русские земли в Поморье. Летом 1571 г. корабли Швеции, Гамбурга и Голландии неожиданно появились в Белом море и подошли к неукрепленному Соловецкому монастырю. Это обеспокоило русское правительство, и по указу Ивана IV от 2 августа 1578 г. в Поморье был направлен воевода Михаил Озеров, который должен был возвести вокруг монастыря деревянный острог. В зимние месяцы крестьяне, стрельцы~ и монахи спешно начали строить крепостную стену. Однако уже в марте 1579 г. шведы, выйдя из города Каяны, разорили Кемскую волость. М. Озеров во главе отряда стрельцов выступил навстречу врагу, но потерпел поражение и погиб в бою. Положение спасли подошедшие двинские сотни, сумевшие прогнать шведов из пределов России. Летом 1579 г. русские войска в Поморье возглавил воевода Киприянаничков. Энергичный военачальник построил острог на шведской границе (Ругозерская волость), обучил военному делу многочисленных добровольцев из двинских посадов и волостей. 24 декабря 1579 г. трехтысячный шведский отряд, выступив из Каян, подошел к острогу. В течение трех дней враги штурмовали русскую крепость. В результате смелой вылазки защитники острога под руководством К Оничкова разгромили неприятеля. Во время сражения воевода был дважды ранен, но довел бой до победного конца. Разгром армии произвел на правительство шведского короля ЮханаIП тяжелое впечатление, но не остановил последующего вторжения шведов в Беломорье.
В 1590 - 1593 гг. шведы предприняли очередную попытку захватить Беломорье. Их королем, Иоанном Ш, была разработана специальная инструкция военачальнику Петру Багге (18 июля 1590 г.), которому предписывалось жечь и опустошать русскую землю. Конечной же целью экспансии являлось овладение Беломорьем и Кольским полуостровом. В одной из восточных шведских провинций (Остерботния) П. Багге выстроил крепость Оулу, куда стянул значительные по численности войска. Один из шведских отрядов под руководством Везайнена, преодолев Лапландские горы, осадил и сжег Печенгский монастырь. Однако Кольский острог шведы взять не смогли и разграбили окрестные селения саамов. В 1591 г. шведы предприняли еще два похода. Более тысячи воинов под командованием Петерсона, сына П. Багге, совершили дерзкий рейд в Беломорье. Выйдя из укрепленного лагеря Улео 7 сентября 1591 г., шведы сожгли и разорили 22 сентября Сумский острог. Однако именно здесь захватчики были разгромлены русскими войсками. Оборону Соловецкого монастыря в это время возглавили воеводы Андрей Романович и Григорий Константинович Волконские. Первый занялся укреплением монастыря, а второй с ратными людьми пришел на помощь сумчанам. В том же, 1591 году Г.К Волконский «пойде в Каянскую землю и... многие места разори и в полон многих людей пойма и в Соловецкий монастырь прииде с великим богатством» (Новый летописец). В 1590 г. шведский отряд в 700 человек разорил Ковду, Умбу, Кереть и Кемь. В 1592 г. в эти же места пришли шведско-финские войска под начальством Магнуса Лаврина и ГанусаИверстина, подвергшие Поморье новому разорению. Захватчики были разгромлены у Сумского острога. Русско-шведская война завершилась подписанием Тявзинского «вечного мира», остановившего шведскую экспансию на два десятилетия.