В 1565 – 1572 Иван Грозный принял целый ряд очень жёстких мер, направленных против родовой аристократии. Эти меры оказали существенное влияние на жизнь русского народа и получили название опричнина. Иван IV стал давить на эту социальную нишу не просто так, а по некоторым определенным мотивам. Правительство Ивана Грозного состояло из бояр, объединившихся в одной цели овладеть московской политикой и направить её в выгодном для себя русле. «Избранная рада» состояла из потомков удельных князей, «княжат», вела политику именно княжескую и поэтому, естественно, всё шло к тому, что рано или поздно «избранная рада» придёт в острое столкновение с царём, сознающим своё положение и полновластие. В самом правительстве не было единодушия и согласия, поэтому оно не могло успешно вести политику по преобразованию государства. Это проявилось уже в 1553 году, когда Иван Грозный тяжело заболел после возвращения из Казанского похода, и всё шло к его смерти. Было составлено завещание в пользу маленького сына Ивана Васильевича Димитрия. Царь потребовал принесения присяги наследнику в пеленках, но у некоторых ближних бояр, которые первыми целовали крест, появились сомнения, и они, сказавшись больными, уклонились от присяги. Пошли слухи, что они желали на царство двоюродного брата Ивана Грозного Владимира Андреевича. Больной царь тогда выразил боярам своё мнение: «Если вы моему сыну Димитрию креста не целуете, то, значит, у вас другой государь есть… Я вас привожу к крестному целованию, велю вам служить сыну моему Димитрию, а не Захарьиным; вы души свои забыли, нам и детям нашим служить не хотите, в чем нам крест целовали уже не помните; а кто не хочет служить государю-младенцу, тот и большому не захочет служить». Бояре покорились только после заявления царя, что к присяге он приводит сам и велит служить Димитрию, а не Захарьиным. По известию одной летописи, бояре насильно заставили присягнуть князя Владимира Андреевича, объявив ему, что в противном случае не выпустят его из дворца, к матери его посылали трижды с требованием, чтобы и она привесила свою печать к крестоприводной записи. Как говорит летопись: «И с тех пор пошла вражда, между боярами смута, а царству всему скудость».
В 1557 – 1558 годах у Ивана IV вышло столкновение с боярами из-за Ливонской войны, которую бояре не желали продолжать против воли царя. В 1560 году, после кончины своей жены Анастасии Романовны, Иван Грозный прямо разорвал со своими советниками, он сослал Сильвестра и Адашева. Попытки боярства вернуть их оканчивались репрессиями, однако, эти репрессии еще не доходили до кровавых казней. Гонения эти получили серьезный и жёсткий характер только тогда, когда стала видна тенденция отъезда недовольных бояр в Литву. Иван Грозный стал брать с подозреваемых в желании уехать бояр обязательства не покидать страну за поручительством нескольких лиц. Такими «поручительными грамотами» царь связал всё боярство. Но отъезды всё равно происходили, так в 1564 бежал даже князь Андрей Курбский, бросив вверенные ему войска и крепость, оправдывая побег нестерпимой яростью и горчайшей ненавистью. Это особенно поразило и вывело из себя Ивана Грозного, так как тот ценил Андрея Курбского не только как заслуженного воеводу и ближайшего государственного советника, но и как личного и доверенного друга. Потомки старой русской династии, «княжата», превратились в служилых бояр и требовали себе власти, Иван Грозный же считал их простыми подданными и отрицал их притязания. Иван IV всё больше сосредотачивал власть в своих руках, добивался беспрекословного подчинения феодалов. Это заставило «княжат» становиться в оппозицию царю. Оппозиция усиливалась, и Иван Васильевич должен был укреплять свою самодержавную власть. Ивану Грозного еще в детстве впитал богоизбранность своей власти и считал, что его власть должна быть неограниченной, а все люди в государстве его холопами. Эта борьба приняла ужасные и кровопролитные формы.
В декабре 1564 года Иван IV совершает хитрый шаг: он покидает столицу и через некоторое время присылает в Москву два послания. В первом послании, «гневной грамоте», направленной духовенству и служилым людям, царь описывает все беззакония боярского правления, перечисляет вины бояр и обвинил митрополита и духовенство в зловредном пособничестве. Царь заявил, что при таких обстоятельствах он вынужден отказаться от престола. В другом послании, «слёзная грамоте», которая читалась в собрании народа, Иван Грозный обращается к посадским людям, повторяет содержание первого послания и добавляет, что на посадских людей у него гнева нет. Иван Васильевич учёл, что после благодатных реформ 1550-х годов, взятия Казани и Астрахани народ будет всецело доверять ему, что и произошло. Народ направляет к царю делегацию с просьбой вернуться на царство. Иван Грозный говорит, что вернется, но только при выполнении ряда условий – власть царя должна была стать неограниченной, он должен был получить право карать изменников по собственному усмотрению, казнить бояр без суда только по своему личному желанию. Русский народ принял условия Ивана Васильевича. 2 февраля 1565 года Иван Васильевич торжественно въехал в Москву, а на другой день объявил духовенству, боярам и знатнейшим чиновникам об учреждении опричнины.
Дальше Иван Грозный стал применять к своим врагам тот принцип, которым обычно пользовалось Московское государство против врагов внешних: когда Москва завоёвывала какие-либо земли, то наиболее видные и опасные люди выводились во внутренние области, а на их место посылали людей из коренных московских мест. В итоге завоёванный край начинал тяготеть к Москве, так как лишался местной руководящей среды, а взамен получал промосковскую. Теперь Иван Грозный выселял из московских удельных наследственных вотчин их владельцев и селил их в отдалённых районах, а на их место он сажал служебную мелкоту на мелкопоместных участках, образованных из старых вотчин. Для этого был создан государев удел – «опричнина», в которой действовала Опричная дума, ставшая полумонашеским, полуцарским орденом, основанным на денежных и земельных подачках и беспрекословном подчинении царю. Отбор опричников производил сам Иван IV в торжественной обстановке в Большой палате Кремлевского дворца. Каждый опричник отрекался от своих родных и обязывался служить только государю. Опричники носили чёрную одежду, к седлу они прикрепляли собачью голову и метлу. Это были знаки их должности, состоявшей в том, чтобы выслеживать, вынюхивать выметать измену и грызть государевых злодеев. Опричнина стала мощной военно-карательной машиной в руках Ивана Грозного. Иван IV развязал в стране массовый террор, который был направлен против всего её населения. Царь пытался укрепить свою личную власть путём нагнетания в стране всеобщего страха. Террор был тотальным. Иван Васильевич казнил и правых, и виновных, и сторонников, и врагов. В 1566 году царь отобрал в пользу опричнины у своего двоюродного брата Владимира Старицкого большую часть его удела. Опричнина вызвала всеобщее недовольство и озлобление против царя. Церковь дала отказ Ивану Грозному поддерживать его деяния в 1566 году на Земском соборе, после чего последовали новые казни. В 1569 – 1570 годах Иван IV совершил с 15-тысячным опричным войском поход на Новгород по доносу в измене. По пути опричники жгли города, грабили, убивали жителей. Иван Грозный в течение 40 дней громил Новгород. Из 6000 дворов было опустошено 5000, наиболее развитая в хозяйственном отношении часть России, понесла огромные потери. Новгород навсегда потерял свою силу. Когда царь вернулся в Москву, он бросил свою злобу на тех, кто натравил его на новгородцев. В годы опричнины и Ливонской войны положение главных производителей в стране – крестьян - еще больше ухудшилось: возросла не только барщина, но и оброк. Недовольство опричниной росло, даже в ней самой, так как казни «изменщиков» начались и в ней самой. Опричная политика всё больше ослабляла страну изнутри. Ухудшалось положение России в Ливонской войне. В 1571 году последовал удар Крымского ханства. Хан Дивлет-Гирей вторгся в Россию и сжёг Москву. Иван Грозный понял, что продолжать издеваться над страной больше нельзя и в 1572 году отменил опричнину, и даже запретил под страхом смерти произносить это слово.
Опричнина не решила той политической задачи, для которой была создана. Нужно было устранить столкновения, какие возникали между государем и боярством. Источником этих столкновений были не противоречивые стремления обеих государственных сил, а одно противоречие в самом политическом строе Российского государства. Иван Грозный и бояре не расходились друг с другом непримиримо в политических идеалах, в планах государственного порядка. Была лишь несообразность в установившемся строе. Ведь в XVI веке Русь представляла собой абсолютную монархию, но с аристократическим управлением, то есть с правительственным персоналом. Не было законодательства, ограничивающего границы церковной власти, был правительственный класс с аристократической организацией, причём власть признавал этот класс. Причём эти две мощных политических силы росли параллельно. Бояре возомнили себя властными советниками государя притом, что сам царь пожаловал их как холопов государевых. Обе стороны оказались в неестественном положении. Из такого положения надо было искать выход, каковым, в принципе, и оказалась опричнина. В итоге, опричнина оказалась заключительным актом длительной борьбы за объединение русских земель – этот факт необычайно важен. Был нанесен окончательный удар по остаткам феодальной раздробленности, в результате опричнины исчез последний оплот противоборствующего боярства – удел Владимира Старицкого. Новгород лишился своих привилегий, стёрлись границы бывших удельных княжеств, на местах прежних боярских вотчин возникли дворянские поместья. Укрепилась роль дворян в управлении государством. Но за эти изменения в стране пришлось заплатить простому народу: опричнина очень сильно истощила страну и тяжело отразилась на положении крестьян. Разгул опричников, позволявших себе почти всё, принёс гибель многим тысячам крестьян и ремесленников (во время только одного похода в Новгород погибло около 2000 человек), разорение многим городам и сёлам. На Руси усилился феодальный гнёт, обострились противоречия между феодалами и трудящимися на них. Дворяне, получившие поместья, увеличили крестьянский оброк и установили непосильную для земледельцев барщину. Но самое главное – Русь окончательно стала централизованным государством.