В 1787 году Казаков завершил строительство здания Сената в Московском Кремле. По задумке архитектора здание символизировало правосудие, законность и гражданские идеалы. Они воплотились в классических формах постройки. Композиционным центром здания Сената стал купольный зал. Он предназначался для дворянских собраний и получил название «Екатерининский».
Образцом русской неоготики является Петровский подъездной дворец, который находился на въезде в Москву со стороны Петербурга. Екатерина II отдала приказ о его строительстве после успешного завершения Русско-турецкой войны 1768–1774 годов. Изначально разработка проекта дворца была поручена Баженову, но позже этим занялся Казаков.
Одним из шедевров московского классицизма считается дом Демидова, построенный Матвеем Казаковым в 1791 году.
В 1793 году произошло торжественное открытие главного корпуса Московского университета, спроектированного Казаковым.
В 1802 году Казаков завершил строительство Голицынской больницы «для бедных». Средства на её возведение были выделены князем Голицыным. В больнице бесплатно лечились представители всех слоёв населения, кроме крепостных крестьян.
В 1803 году Казаков построил каменное здание Павловской больницы. Она была учреждена в честь выздоровления наследника престола Павла Петровича. Но деревянные постройки сгорели в пожаре и на их месте возвели новое здание.