В естественных условиях обитания микроорганизмы живут не изолированно, а в сложных взаимоотношениях, которые сводятся к симбиозу, метабиозу и антагонизму.
Симбиоз – это сожительство организмов различных видов, приносящим им взаимную пользу. При этом они развиваются лучше, чем каждый из них в отдельности.
Метабиоз – вид взаимоотношений микроорганизмов, при котором продукты обмена одного вида создают благоприятные условия для другого вида. Например, анаэробы не могли бы жить без аэробов, которые поглощают кислород.
Антагонизм – форма взаимоотношений, при котором один вид микроорганизма угнетает другого, или даже может вызвать его гибель. Например, патогенные микроорганизмы, попав в окружающую среду, не выдерживают борьбу с сапрофитами и быстро погибают.