Алексей Михайлович вступил на престол в возрасте 16 лет, и основную роль в начальном периоде царствования Алексея, в управлении государством играл его воспитатель боярин Б.И. Морозов и его окружение. Алексей Михайлович считался человеком начитанным, обладающим веселым нравом, набожностью. Прозвище Тишайший не соответствовало его характеру, он был вспыльчив и резок. Немалую роль играла и подозрительность Алексея по отношению к ближайшему окружению. Историки считают, что «Тишайшим» его назвали скорее за состояние страны в период его правления, определенное успокоение, контрастировавшее со Смутой. Нельзя забывать и то, что XVII в. часто называют и «бунташным веком», до окончательного успокоения было далеко. Может быть, в прозвище сыграла роль некая идеальная цель, образ, к которому царь стремился. Известно, что его духовный наставник Никон заботился о благочестии царя, а сам Алексей проводил в молитвах многие часы.
Алексей Михайлович любил и развлечения, особенно соколиную охоту. Во времена правления Алексея Михайловича выдвинулась плеяда талантливых государственных деятелей: Ф. М. Ртищев, А. Л. Ордин-Нащокин, А. С. Матвеев и др.
Социально-политическая обстановка в России в первые годы правления царя была очень сложной, что привело к ряду мощных «городских» восстаний, в которых переплелись интересы разных слоев населения. Первым из крупных потрясений стал Соляной бунт 1648 г.
Соляной бунт. Экономическое положение России оставляло желать лучшего. Государство нуждалось в пополнении казны. Правительство Морозова привыкло смотреть на города как на источник пополнения казны. Налоговое бремя посадского населения возрастало, а экономия государственных расходов шла за счет сокращения жалованья служилым людям (стрельцам, подьячим). Политика правительства встречала сопротивление. Крестьянство бежало от своих владельцев, в основном небогатых служилых дворян и разорявшегося боярства, во владения к более крупным феодалам. Посадские люди были недовольны наличием в городах прямых конкурентов — привилегированных белых слобод. Власть запрещала переход жителей городских посадов в белые слободы, прикрепляла посадских к городу.
Правительство Морозова (важную роль в нем играли начальник Земского приказа Плещеев, начальник Пушкарского приказа окольничий Траханиотов, глава Посольского приказа думный дьяк Чистый), пытаясь решить вопрос пополнения казны, увеличило косвенные налоги. В 1646 г. цена на соль была увеличена в 4 раза, но население просто перестало покупать соль, и пополнить казну таким образом не удалось. В 1647 г. налог был отменен, но найден другой способ — взыскание недоимок за три последних года.
Важную роль в восстании сыграли, видимо, и противоречия внутри правящего слоя. Укрепление царской власти вызывало резкое противодействие боярства. Знать делала попытки ограничить самодержавие и, начиная с 1584 г., это ей во многом удавалось. Слабость Федора Иоанновича, выборы Бориса Годунова и Михаила Романова Земским собором, обязательства Лжедмитрия и Василия Шуйского — все эти факты свидетельствуют о могуществе сил, противостоявших абсолютизму. Сложная ситуация с наследованием престола возникла и в правление Михаила. Царь долго не мог жениться, его первая жена внезапно умерла, второй брак долго не приносил наследника. Рождение Алексея было окружено завесой таинственности, по стране поползли слухи о подмене наследника. Подобная обстановка должна была позволить родовитой знати сохранять контроль над властью. Поэтому боярская верхушка была недовольна быстрым утверждением юного Алексея царем, да и самим правительством, представлявшим не родовую знать, а дворян и незнатных бояр.
Восстание в Москве началось 1 июня 1648 г. События развивались стремительно. Молодой царь возвращался с богомолья из Троице-Сергиева монастыря, к нему сумели пробиться челобитчики. Окружив карету царя, они стали жаловаться на начальника Земского приказа Л. С. Плещеева. Царь выслушал и поехал дальше. 2 июня царь участвовал в крестном ходе с иконой Владимирской Божией Матери. Группа жалобщиков опять окружила царя и потребовала освободить их товарищей, арестованных накануне. Скрывшись во дворце, царь выслал для переговоров дьяка Волошенинова, окольничего Пушкина и князей Темкина-Ростовского и Волконского. Двое последних повели себя высокомерно, за что и были схвачены толпой раздосадованных просителей. На следующий день в происходящее активно вмешались холопы. Восставшие потребовали на расправу главных вельмож-лихоимцев (взяточников) — Морозова, Чистого, Траханиотова, Плещеева. Толпа разгромила кремлевские дворы Морозова, а также дворы особенно ненавистных чиновников. Назарий Чистый был убит.