Последние годы и смерть Prodigy

В 1996 году группа совместно с хип-хоп дуэтом Capone-n-Noreaga. выпустила сингл «L.A. L.A.» в котором был обруган Snoop Dogg — один из «символов» западного побережья, а также его друзья Tha Dogg Pound, которые незадолго до этого написали дисс на рэперов Восточного побережья «NY, NY». В ответ на это, другой рэпер, Тупак Шакур, оскорбил Mobb Deep в треке «When We Ride», а также в других многочисленных треках и интервью. На альбоме Hell On Earth есть ответ на это — трек с названием «Drop a Gem On 'Em». Победитель так и не был выявлен по причине смерти Тупака 13 сентября 1996 года.

1999: Murda Muzik и пик славы

На конец 90х пришёлся интернет-бум, и связанный с ним рост нарушений авторского права. Четвёртый альбом группы Murda Muzik несколько раз выкладывался в интернете до официального релиза, что привело к многочисленным задержкам до его официального выпуска. Несмотря на все проблемы связанные с выпуском, альбом получился самым коммерчески успешным, превысив показатель в три миллиона проданных дисков в США, таким образом получив трижды-платиновый статус.

Первым синглом с альбома стала песня под названием «Quiet Storm», исполненная с участницей группы Junior M.A.F.I.A. и просто другом Mobb Deep Lil' Kim. Этот трек считается^{[ кем? ]} вторым по популярности треком группы, после того легендарного хита «Shook Ones».

Внутренняя борьба за титул «рэп-короля Нью-Йорка», остававшемся незанятым после смерти Notorious B.I.G., привела к раздору между Prodigy и Бруклинским рэпером Jay-Z, который подверг сомнению заслуженность того статуса, который имеет Mobb Deep. В треке «Takeover» он высмеивает продажи сольника Prodigy H.N.I.C., который вышел в 2000-м году: «You sold what my album sold in the first week» — «Ты продал столько копий, сколько продал я за первую неделю».

2000—2005: Infamy, Amerikaz Nightmare и новое звучание

В 2001 году группа вернулась с новым альбомом Infamy («Дурная слава»).

Сразу был заметен отход от привычных мрачных битов к более клубному, модному, хорошо коммерчески зарекомендовавшему себя звучанию. На альбоме присутствовал трек про любовь («Hey Love») что вообще было нетипично для дуэта. Многие «старые» фанаты отвернулись от группы, альбом провалился в продажах. Контракт группы с Bad Boy Records был разорван по инициативе лейбла.

Однако новое звучание всё равно стало популярным в массах и через три года группа получила ещё больший контракт с медиагигантом Jive Records, на котором в то время были подписаны такие известные артисты как Бритни Спирс и поп-группа NSYNC.

На альбом Amerikaz Nightmare возлагались большие надежды, однако им не суждено было сбыться. Альбом еле-еле сумел преодолеть рубеж в полмиллиона дисков. Mobb Deep снова оказались «свободными агентами», то есть без выпускающего лейбла. Группа много критиковала Jive, в частности в укор ставился факт, что альбом был плохо раскручен, а также что у лейбла не было опыта работы с рэп-группами.

В 2003 был выпущен микстейп Free Agents.

2005—2006: Blood Money, сделка с Aftermath Entertainment и G-Unit

В 2005 году всё хип-хоп сообщество мира было потрясено сделкой, которую совершил лейбл Aftermath Entertainment. Он выкупил небольшой лейбл Infamous Records, созданный группой и заключил контракт с Mobb Deep. Отныне Infamous Records стал подлейблом большой медиа семьи Interscope Records. Это позволило через год выпустить ещё один альбом, Blood Money.

Этот альбом, как и предыдущий, не оправдал пущенных на него затрат, зато стал хорошей рекламой для 50 Cent, который поучаствовал в 7 треках из 14. В знак вечной дружбы 50 Cent сделал татуировку Mobb Deep, а Prodigy — G-Unit — название группы 50 Cent.