Этот способ позволяет создать трехмерную модель любой сложной конфигурации. В качестве примера приведем процедуру построения молекулы ацетона

Непосредственное редактирование с использованием кнопок на панели инструментов

Следует помнить, что одной и той же брутто-формуле могут отвечать различные структурные изомеры, поэтому возможно, что созданная модель потребует затем дальнейшего редактирования.

Построение начинается с создания углеродного остова модели. Для того, чтобы создать связь, необходимо использовать инструмент создания связей. При использовании этого инструмента создаются только углерод - углеродные связи.

Для этого надо щелкнуть по инструменту одинарной связи, нарисовать связь в окне, вытянув ее в желаемом направлении (щелчок по полю окна и, удерживая левую клавишу мыши, протянуть и отпустить клавишу).

Для того, чтобы добавить связи к модели, необходимо выбрать соответствующий инструмент связей на контрольной панели (одинарная или двойная связь), затем на поле модели щелкнуть по атому, к которому следует добавить связь и, удерживая левую клавишу мыши, протянуть её в нужную точку и отпустить клавишу.