При проведении санитарно-микробиологических исследований руководствуются следующими принципами:
1. Правильность отбора проб. Отбор проб проводят с соблюдением всех необходимых правил асептики; при хранении и транспортировке необходимо исключить возможность гибели и дополнительного размножения микроорганизмов. При невозможности немедленно сделать анализ материал хранят не более 6-8 часов.
2. Серийность проводимых анализов. Микроорганизмы в объектах окружающей среды распространены неравномерно. Для получения адекватных результатов проводят отбор серии проб из разных участков объекта. При проведении анализов все образцы смешивают и отбирают среднюю пробу.
3. Повторность отбора проб. Для получения сопоставимых результатов осуществляют повторный отбор проб в связи с тем, что в исследуемых образцах состав микробиоты меняется достаточно быстро.
4. Применение стандартных методов исследования. Использование методик, утвержденных государственными стандартами, позволяет получать в разных лабораториях сопоставимые результаты.
5. Использование комплекса тестов. Это необходимо для получения адекватной информации при сочетании прямых и косвенных методов выявления микроорганизмов с учетом влияния факторов внешней среды и собственной микробиоты объектов.