Конец бунта

Лишившись своего лидера, стрельцы потеряли всякую способность действовать сколь-нибудь решительно. Они посылали правительнице одну челобитную за другой, в которых просили Софью не лишать их своей милости и обещали служить ей верой и правдой, не щадя живота. Они выдали в Троицу младшего сына Хованского — Ивана, впоследствии он был отправлен в ссылку.

В октябре стрельцы прислали челобитную, в которой признавали свои действия 15-18 мая преступными, умоляли царей о помиловании, и сами просили царского указа о сносе памятного столба на Лобном месте, который в своё время был воздвигнут по их требованию, как гарантия от преследований. Софья обещала стрельцам прощение, казнив только выданного стрельцами ближайшего помощника Хованского — Алексея Юдина. Начальником стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Фёдор Леонтьевич Шакловитый, который восстановил в стрелецком войске порядок и дисциплину, обходясь, в основном, без репрессий, но когда в полку Бохина возник рецидив смуты, четверо стрельцов, признанных зачинщиками, были немедленно казнены.

В начале ноября царский двор вернулся в Москву, только царица Наталья Кирилловна сочла небезопасным для себя и сына оставаться в Кремле, где всё было под контролем Милославских, и предпочла жить в загородной резиденции Алексея Михайловича — селе Преображенском, под охраной верных ей людей. Царь Пётр жил там, приезжая в Москву только для участия в церемониях, на которых его присутствие считалось необходимым.

Режим правления Софьи Алексеевны при номинальном царствовании Петра I и Ивана V, установленный в результате стрелецкого бунта, продлился 7 лет, до сентября 1689 года, когда в результате обострения конфронтации между повзрослевшим Петром и Софьей последняя была отстранена от власти.

Стрелецкий бунт 1698 года — восстание московских стрелецких полков, по официальной версии вызванное тяготами службы в пограничных городах, изнурительными походами и притеснениями со стороны полковников.

Содержание