Существует три метода уничтожения трупов животных: переработка их на ветеринарно-санитарных утилизационных заводах в мясокостную муку, сжигание и обезвреживание в биотермических ямах;
При особо опасных инфекционных болезнях (сибирская язва, эмкар, чума крупного рогатого скота и др.) трупы подлежат только сжиганию. Их можно утилизировать только на ветеринарно-санитарных утилизационных заводах, где возбудитель болезни полностью обезвреживается. Сжигают трупы животных в трупосжигательных ямах и трупосжигательных печах различных конструкций.
Для уничтожения и обеззараживания трупов животных используются также биотермические ямы (ямы Беккари), в которых они разлагаются под воздействием усиленно развивающихся термофильных бактерий, при этом температура в ямах достигает 700С, что обеспечивает гибель не только патогенных микробов, но и их споровых форм, которые успевают прорасти в вегетативную форму.
Менее эффективным в ветеринарно-санитарном отношении способом уничтожения трупов животных является захоронение трупов на скотомогильниках.