Классификацию государственных органов можно провести по различным основаниям:
1. Первичные и вторичные (производные) органы. Первичные создаются и функционируют на основе конституции или законов, например, президент, правительство. Производные создаются для обеспечения деятельности первичных органов (например, администрация Президента РФ).
2. Центральные и местные органы. В федеративных государствах органы государственной власти можно разделить на федеральные и органы субъектов федерации.
3. В соответствии с принципом разделения властей можно выделить законодательные, исполнительные, судебные, а также контрольно-надзорные органы.
4. По способу формирования различают избираемые (например, Государственная Дума), назначаемые (министры) и формируемые (Совет Федерации) органы.
5. По времени действия государственные органы могут быть постоянными, временными и чрезвычайными.
6. По сфере компетенции различают органы общей компетенции (правительство) и органы специальной компетенции (министерства и ведомства).
7. По способу принятия решений можно выделить коллегиальные органы (например, правительство) и единоличные (например, президент).