Согласно разъяснениям Минфина России, в случае если вы уплатили аванс наличными денежными средствами, вычет по НДС вы применить не сможете. Ведь у вас не будет платежного поручения, подтверждающего перечисление денежных средств (Письмо от 06.03.2009 N 03-07-15/39).
Однако такой подход, на наш взгляд, является спорным. Объясним почему.
Внесение наличных средств в качестве предоплаты подтверждает кассовый чек (ст. 5 Федерального закона от 22.05.2003 N 54-ФЗ). И в строке 5 счета-фактуры в данном случае указываются именно реквизиты кассового чека (пп. "з" п. 1 Правил заполнения счета-фактуры, утвержденных Постановлением N 1137).
Кроме того, в соответствии с действующим порядком заполнения книги покупок в ней запрещено регистрировать счет-фактуру на сумму аванса только при безденежных формах расчетов (пп. "д" п. 19 Правил ведения книги покупок, утвержденных Постановлением N 1137).
Тем не менее, если вы решите принять НДС к вычету при внесении аванса наличными денежными средствами, это, скорее всего, вызовет спор с налоговиками.