Сроки назначения повторной проверки указаны в п. 10 ст. 89 НК РФ: «Повторной выездной налоговой проверкой налогоплательщика признается выездная налоговая проверка, проводимая независимо от времени проведения предыдущей проверки по тем же налогам и за тот же период». Следовательно, повторная выездная налоговая проверка может быть проведена в любое время:
1) вышестоящим налоговым органом - в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку;
2) налоговым органом, ранее проводившим проверку, на основании решения его руководителя (заместителя руководителя) - в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации, в которой указана сумма налога в размере, меньшем ранее заявленного. В рамках этой повторной выездной налоговой проверки проверяется период, за который представлена уточненная налоговая декларация.
Сроки самостоятельной проверки филиалов
При проведении самостоятельной выездной налоговой проверки филиалов и представительств налогоплательщика срок проверки не может превышать одного месяца (абз. 5 п. 7 ст. 89 НК РФ).
Налоговый орган не вправе проводить в отношении одного филиала или представительства налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение одного календарного года.