| Заболевание | Аутоантитела1 |
| Системные заболевания | |
| Системная красная волчанка | Антиядерные Анти-ДНK (двойной нити) Анти-ДНК (одинарной нити) Антирибонуклеопротеидные Другие |
| Смешанные заболевания соединительной ткани | Антиядерные Антирибонуклеопротеидные |
| Прогрессирующий системный склероз | Антиядерные Антицентромерные |
| Дерматомиозит | Антиядерные Антимиоглобиновые |
| Ревматоидный артрит (и синдром Шегрена) | Антииммуноглобулиновые (ревматоидный фактор) |
| Органоспецифические заболевания | |
| Тяжелая миастения | Против ацетилхолиновых рецепторов |
| Тиреоидит Хашимото | Против тиреоглобулина |
| Болезнь Грейвса (токсический зоб) | Стимулирующий щитовидную железу иммуноглобулин |
| Инсулинорезистентный диабет | Против инсулиновых рецепторов |
| Ювенильный инсулинозависимый диабет | Антиинсулиновые Против клеток островкового аппарата |
| Синдром Гудпасчера | Против базальной мембраны легких и почек |
| Пернициозная анемия | Против париетальных клеток желудка Против внутреннего фактора |
| Болезнь Аддисона | Антипочечниковые антитела |
| Буллезный пемфигоид | Против базальной мембраны кожи |
| Обыкновенная пузырчатка | Против межклеточного вещества кожи |
| Гипопаратиреоидизм | Против клеток паращитовидных желез |
| Первичный билиарный цирроз | Антимитохондриальные |
| Хронический активный гепатит | Антиядерные Антигепатоцитарные Против гладкой мускулатуры |
| Витилиго | Против меланоцитов |
| Бесплодие (у мужчин) | Антисперматозоидные |
| Бесплодие (у женщин) | Антиовариальные (против желтого тела) |
| Гемолитическая анемия | Антиэритроцитарные |
| Нейтропения | Антилейкоцитарные |
| Тромбоцитопения | Антитромбоцитарные |
1 Данные антитела обнаруживаются не у всех больных с этой патологией (например, соответствующие антитела при тиреоидите Хашимото определяются у 90% больных, при микседеме – у 70%, при токсическом зобе – у 40%, при нетоксическом зобе и раке щитовидной железы – у 30%, пернициозной анемии – у 25%). В 5-10% такие антитела определяются у здоровых людей.
Для большого количества аутоиммунных болезней прослеживается семейная предрасположенность (например, для системной красной волчанки, тиреоидита Хашимото, пернициозной анемии); определенные аутоиммунные болезни могут быть связанны со специфическими HLA-антигенами (например, HLA-D3 с системной красной волчанкой). Исследование важной роли молекул MHC I и II класса (HLA-молекул) в стадии распознавания антигена при иммунном ответе позволило понять их значение. Близкое пространственное взаиморасположение различных HLA генов на 6 хромосоме может тогда объяснить связь определенных типов HLA с патологией иммунного ответа.






