Под давлением "консерваторов" президент был вынужден снять с министерских постов правых радикалов, но вскоре отправил в отставку их главного противника, председателя правительства В.Черномырдина (23 марта 1998 г.). Он предложил Государственной думе утвердить на пост премьер-министра С.В.Кириенко, бывшего первого заместителя Б.Немцова в правительстве, члена его "нижегородской команды". Это вызвало конфликт президента с Думой. Она дважды отклоняла предложенную кандидатуру. Однако в апреле 1998 г., оказавшись перед угрозой роспуска, была вынуждена отступить.
Новый премьер-министр, продолжив курс прежнего правительства, за пять месяцев привел страну к финансовому кризису августа 1998 г. и был отправлен в отставку. В.Черномырдин вновь на короткое время (23 августа— 10 сентября 1998 г.) вернулся к руководству правительством в качестве исполняющего обязанности премьера. 10 сентября, дважды отвергнутый Думой на пост главы правительства, он снял свою кандидатуру. Новый правительственный кризис закончился назначением на пост председателя правительства министра иностранных дел Е.М.Примакова (сентябрь 1998 - май 1999 г.).