Методика системного анализа разрабатывается и применяется в тех случаях, когда у ЛПР на начальном этапе нет достаточных сведений о проблемной ситуации, чтобы выбрать метод её формализованного представления, сформировать математическую модель или применить один из новых подходов к моделированию, сочетающих качественные и количественные приемы.
Методика может помочь организовать процесс количественного принятия решений с привлечением специалистов различных областей знаний, с использованием разных методов формализованного моделирования (их группы МФПС) и методов активизации ЛПР (из группы МАИС), со сменой методов по мере познания объекта (ситуации), что и обеспечивает постепенную формализацию процесса принятия решения, с пошаговым доказательством адекватности формируемой модели принятия решения.