В составе морфем могут происходить взаимные замены либо самих фонем, либо их вариантов, именуемые обыкновенно чередованиями, или альтернациями. Соответственно, те звуковые элементы, которые участвуют в этих процессах, называются альтернантами. В силу довольно тесной связи чередований с теми или иными грамматическими явлениями они изучаются в том числе в рамках специальной дисциплины на стыке фонологии и грамматики — морфонологии.
Чередования обусловливают также и несколько собственно фонологических явлений. К таковым, в частности, может быть отнесена нейтрализация противопоставлений. Ее суть такова: в некоторых позициях противопоставление фонем по тому или иному дифференциальному признаку не осуществляется. Соответствующие позиции, будь они изолированными или же соотносительными, определяются как слабые. Н. С. Трубецкой полагал, что в позиции нейтрализации нет возможности говорить о фонеме, и в таковой выступает некоторая единица более высокого уровня — архифонема, совокупность ДП, общих для двух фонем, однако в некоторых концепциях (в частности, той, которая принята в школе Л. В. Щербы) нейтрализация понимается как отсутствие использования определенных противопоставлений фонем в определенных позициях.
Типологически можно выделить несколько типов чередований фонем:
· фонетически обусловленные,
· исторические (традиционные, необъяснимые фонетически),
· смешанные (объединяющие в себе черты первых двух типов).