В состав III и IV комплексов входят сложные белки – цитохромы.
Цитохромы относятся к хромопротеинам. Отличие от гемоглобина – железо цитохрома переходит от двух- к трёхвалентному состоянию и обратно (в гемоглобине – только двухвалентное железо).
Цитохромы b и c объеденены в III комплексе дыхательной цепи, а цитохромы a и a3 образуют IV комплекс дыхательной цепи.
Входящие в состав комплексов цитохромы ориентированы в мембране в строго определённом порядке. Такое расположение цитохромов позволяет направить поток электронов от наружной поверхности внутренней мембраны митохондрий к её внутренней поверхности.
Работа III комплекса заключается в транспорте электронов от убихинола на цитохром с. От III комплекса электроны переносятся на IV с помощью очень подвижного фермента- цитохрома с. Эта небольшая молекула способна активно перемещаться, совершая челночные движения вдоль внешней поверхности мембраны от III к IV комплексу. Цитохром при этом переносит только электроны.
IV комплекс -отвечает за непосредственную связь с кислородом.
Таким образом, работа дыхательной цепи сводится к транспорту электронов от субстрата тканевого дыхания к кислороду, а также протонов, поставляемых субстратом и матриксом митохондрий. При транспорте в связи с падением редокс-потенциала освобождается энергия и в итоге образуется вода.