Изомеразы катализируют реакции внутримолекулярного переноса групп, а также взаимопревращение геометрических и оптических изомеров.
Внутримолекулярные оксидоредуктазы, катализирующие взаимное превращение альдоз и кетоз. Например, фермент 5.3.1.1 D -глицеральдегид-3-фосфат-кетолизомераза (триозофосфатизомераза), который катализирует обратимое превращение глицеральдегид-3-фосфата и диоксиацетонфосфата:
Глицеральдегид-3-фосфат Диоксиацетонфосфат
Внутримолекулярные трансферазы (мутазы), катализирующие перемещение групп атомов внутри одной молекулы. Например, фермент 5.4.2.2 фосфоглюкомутаза, катализирующий обратимое превращение изомеров:
Глюкозо-1-фосфат Глюкозо-6-фосфат
Рацемазы и эпимеразы, катализирующие превращения энантиомеров и эпимеров соответственно. Например, фермент 5.1.3.2 УДФ-глюкозо-4-эпимераза, катализирующий взаимное превращение эпимеров УДФ-глюкозы и УДФ-галактозы:
Уридиндифосфатглюкоза Уридиндифосфатгалактоза