Налогооблагаемой базой для расчета платежей во внебюджетные фонды и налога на доходы физических лиц является фонд начисленной заработной платы. При проверке ведения учета этих налогов необходимо, во-первых, проверить правильность учета заработной платы и выделения той ее части, на которую производятся соответствующие начисления. При этом аудитор руководствуется указаниями Госкомстата России о составе фонда оплаты труда. Это имеет существенное значение при исчислении сборов в фонды обязательного медицинского и социального страхования. Аудитор руководствуется правилом, что начисления на заработную плату проводятся по всем основаниям, которые учитываются при исчислении средней заработной платы, используемой для расчета пенсий, выплат отпускных пособий и оплаты больничного листа.
При аудите начисления сборов во внебюджетные фонды аудитор учитывает формы найма работников и как следствие те социальные гарантии, за предоставление которых организация несет ответственность.