В IV комплекс входят два цитохрома а и а3, каждый из которых имеет центр связывания с кислородом.
В комплексе содержатся 2 иона меди.
С комплекса протоны Н+ переносятся в ММП.
IV комплекс транспортирует ē непосредственно на молекулярный кислород, активируя его:
аа3 ½ О2 О
У активированного О2 появляются две свободные валентности, к которым присоединяются 2 протона Н+, поступающие из матрикса. Это приводит к образованию Н2О.