Мята перечная - многолетнее травянистое растение. Имеет горизонтальные ветвистые корневища и тонкие мочковатые корни. Стебель-прямостоячий, 30-100 см высоты, полый, четырёхгранный, прямой, ветвистый, густолиственный, голый или с редкими короткими прижатыми волосками.
Листья-накрест супротивные, продолговато-яйцевидные, короткочерешковые, заострённые, с сердцевидным основанием и остропильчатым краем. Цветки-мелкие, обоеполые или пестичные, светло-фиолетового цвета, собраны на верхушках побегов полумутовками, образующими колосовидные соцветия. Венчик пятичленный, слегканеправильный (неясно двугубый), розоватый или бледно-фиолетовый. Цветёт с конца июня до сентября.
Плод — дробный, состоит из четырёх орешков. Плоды образуются редко.