В системах управления реализуется обычно не один, а несколько алгоритмов управления. Это не значит, что для каждого алгоритма будет создаваться свой автомат. Существуют способы создания комплексных систем управления. Одним из таких способов является так называемый метод композиции автоматов, т.е. создания единого автомата для всех алгоритмов. Причем процедура композиции может осуществляться на алгоритмическом уровне, т.е. сразу создается комплексный алгоритм, по которому по общим правилам проектируется МПА. Второй путь композиции осуществляется на «автоматном» уровне, т.е. сначала получают графы автоматов, а затем создают комплексный граф переходов. Существует и противоположная операция – декомпозиция, т.е. деление сложного алгоритма или графа переходов на части по заданному критерию. Таким критерием может быть, например, максимальное число состояний в декомпозицируемых частях автомата.