Управління в галузі використання та охорони природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони є одним з видів управління в галузі екології, якому притаманні всі ознаки останнього.
Управління в цій галузі здійснюють органи загальної та спеціальної компетенції: Кабінет Міністрів України, Уряд Автономної Республіки Крим, місцеві державні адміністрації, Міністерство екології та природних ресурсів України, Державна екологічна інспекція Мінекоресурсів України, Міністерство аграрної політики України та його органи рибоохорони, Прикордонні війська України, інші державні органи.
Як приклад, розглянемо повноваження в цій галузі окремих органів. Так, Кабінет Міністрів України у межах своїх повноважень здійснює реалізацію законодавства про виключну (морську) економічну зону та континентальний шельф; забезпечує розробку державних програм у цій галузі, зокрема Державної програми захисту Азовського і Чорного морів; координує діяльність міністерств, відомств, інших установ та організацій України у питаннях охорони виключної (морської) економічної зони; встановлює порядок розробки та затвердження екологічних нормативів, лімітів використання природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони, зокрема затверджує ліміти використання рибних запасів; встановлює порядок суверенних прав України у її виключній (морській) економічній зоні та на континентальному шельфі, керує зовнішніми зв'язками України в галузі охорони континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони тощо.
Серед основних завдань Міністерства екології та природних ресурсів України' передбачено, зокрема, забезпечення реалізації державної політики у сфері раціонального використання природних ресурсів континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони.
Відповідно до Положення про Міністерство аграрної політики України" останнє забезпечує здійснення державного контролю за охороною, відтворенням водних живих ресурсів та регулюванням рибальства, державний нагляд за безпекою мореплавства флоту рибної промисловості.
Прикордонні війська та органи рибоохорони здійснюють охорону суверенних прав України у її виключній (морській) економічній зоні і на континентальному шельфі та контроль за реалізацією прав і виконанням зобов'язань у виключній (морській) економічній зоні і на континентальному шельфі інших держав, українських та іноземних юридичних і фізичних осіб, міжнародних організацій.
Особливість управління в галузі використання і охорони природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони виявляється в реалізації таких функцій:
1) розподілу і перерозподілу природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони;
2) державної реєстрації робіт з дослідження, розробки природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони;
3) державного контролю і нагляду за використанням і охороною природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони;
4) здійснення державного моніторингу вод виключної (морської) економічної зони;
5) ведення державного обліку родовищ, запасів і проявів корисних копалин континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони; державного кадастру родовищ та проявів корисних копалин континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони;
6) вирішення спорів, пов'язаних з використанням природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони.
Відносини щодо реалізації цих функцій врегульовано гірничим, водним, фауністичним законодавством з урахуванням норм міжнародного законодавства.
Так, наприклад, правовою формою розподілу і перерозподілу природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони є надання спеціальних дозволів на спеціальне використання надр, водних живих ресурсів.
Надра континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони України надаються у користування з урахуванням правового режиму морських просторів. У разі надання ліцензії на користування надрами континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони України визначається площа морського дна (ділянки надр) із зазначенням координат та меж, у яких дозволяється діяльність, зазначена у ліцензії. В останній передбачається спеціальний режим ведення робіт, який узгоджується з органами, що забезпечують охорону державного кордону України, регулюють пароплавство, рибний та інші промисли, екологічну безпеку'.
Що ж стосується ведення промислу у виключній (морській) економічній зоні України, то капітани суден для здійснення цього виду діяльності, крім дозволу, повинні мати рибальські квитки за формою, затвердженою центральним органом виконавчої влади з питань рибного господарства.
Державний контроль і нагляд за використанням і охороною природних багатств континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони здійснюють такі органи державної виконавчої влади:
1) Міністерство екології та природних ресурсів України і його органи — державний контроль за використанням і охороною морського середовища, природних ресурсів континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони2; державний контроль за геологічним вивченням надр континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони (державний геологічний контроль)3; контроль за додержанням вимог щодо складу вод виключної (морської) економічної зони, в тому числі за гідрохімічними і гідробіологічними показниками;
2) спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань нагляду за охороною праці та його органи — державний контроль за веденням робіт з геологічного вивчення надр континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони і їх використанням та охороною, а також за використанням і переробкою мінеральної сировини (державний гірничий нагляд)4;
3) центральний орган виконавчої влади з питань аграрної політики та його органи, зокрема органи рибоохорони — контроль за додержанням правил під час проведення досліджень, розвідок добування і охорони водних живих ресурсів континентального шельфу і виключної (морської) економічної зони;
4) прикордонні війська — контроль за реалізацією прав і виконання зобов'язань у виключній (морській) економічній зоні і на континентальному шельфі інших держав, українських та іноземних юридичних і фізичних осіб, міжнародних організацій';
5) органи державного санітарного нагляду МОЗ України — санітарний нагляд за якістю води в межах прибережних смуг морів.