Основными методами очистки антибиотиков являются следующие

Экстракция. В целях очистки антибиотик многократно переводят из одного растворителя (гидрофильный - вода) в другой (гидрофобный). Если в одном из растворителей антибиотик осаждается, процесс называютперекристаллизацией.

Принцип экстракции органическим растворителем используется при очистке таких важнейших антибиотиков, как пенициллин и эритромицин. При переходе в органический растворитель соответствующие антибиотики освобождаются от полярных примесей, растворимых в воде. Варьируя рН и меняя таким образом растворимость антибиотика в воде (точнее, в буферном растворе), можно многократно переводить антибиотик из одной фазы в другую, освобождаясь каждый раз от определенного количества примесей.

Один из примеров окончания процесса при экстракционном методе выделения и очистки - извлечение пенициллина из органического растворителя бутилацетата, где он находится в виде свободной кислоты: к бутилацетату добавляют насыщенный водный раствор ацетата калия. Выпадает калиевая соль пенициллина. Кристаллы промывают бутанолом и высушивают.

Также при очистке антибиотиков широко используются хроматографические методы, основанные на избирательной сорбции за счет зарядов молекулы антибиотика.

Особое значение имеют сорбционные методы в выделении аминогликозидных антибиотиков (стрептомицина).