Повышения числа копий плазмиды в клетках не всегда эффективно, т.к. чрезмерная амплификация плазмидных ДНК может нарушать рост клеточной культуры. Поэтому может использоваться встраивание нескольких копий гена в малокопийную плазмиду. Для этого конструируют набор тандемных копий гена.
Стабилизация белков путем присоединения концевых аминокислот
Присоединение определенных концевых аминокислот (присоединением кодирующего их фрагмента к гену) может повысить время жизни рекомбинантных белков от нескольких минут до нескольких часов.
Повышение эффективности секреции
Многие белки оказываются значительно стабильнее, если они секретируются в периплазму, а не остаются в цитоплазме. Такие белки также легче выделить и очистить. Обычно транспорт через мембрану обеспечивает N-концевая сигнальная последовательность. Вводя этот сигнальный пептид в белок, удается повысить эффективность секреции.
Увеличение стабильности рекДНК в клетках
Плазмидные векторы могут утрачиваться после ряда клеточных циклов и не содержащие плазмиды клетки могут получить преимущество в росте. Нестабильность плазмид является серьезной проблемой, которую необходимо решать при промышленном использовании рекомбинантных систем. Повышение стабильности может быть связано с постоянным использованием селективных питательных сред, а не только на первоначальном этапе при клонировании.