Обусловленная спецификой унаследованной советской экономики более высокая эффективность национального протекционизма по сравнению с коллективным протекционизмом.
Боязнь ряда стран-участниц СНГ имперских устремлений России и фактической утраты в связи с этим приобретённого суверенитета.
Длительный экономический спад, объективно сузивший материальную основу реинтеграции.
Разные модели экономических реформ и/или отсутствие синхронности в их проведения.
Противодействие реинтеграции со стороны Запада, международных финансовых организаций и крупных ТНК.
Избрание модели интеграции, не соответствующей реальным условиям постсоветских стран.
Неготовность России выступить в качестве ни локомотива интеграции ни донора остальных стран-участниц.
Противоречие между принципом равноправия стран-участниц и резко преобладающим размером России.
Углубление различий между странами по уровням социально-экономического развития.
Отсутствие политической воли у политических элит стран СНГ для исполнения принятых интеграционных решений.
Устойчиво растущая часть национальной экономики, формирующаяся в условиях распавшегося пространства.
Таким образом, интеграционные процессы в СНГ наталкиваются на противоположные тенденции (центробежные), определяющиеся, прежде всего стремлением правящих кругов в бывших советских республиках упрочить недавно полученный суверенитет, укрепить свою государственность. Это нередко рассматривалось ими как безусловный приоритет, и соображения экономической целесообразности отступали на второй план в том случае, когда интеграционные меры воспринимались как ограничение суверенитета.
Различия в характере системных реформ нередко создавали трудности в налаживании взаимных связей, например в функционировании платежных механизмов и согласованной банковской политики. Интеграционные меры требовали и больших финансовых средств, и целеустремленности их организаторов. Часто и то и другое отсутствовало. Разный уровень готовности бывших советских республик к определенным формам интеграции определялся не столько экономическими, сколько политическими и этническими факторами.