Покорив Новгород в 1478 году, Москва унаследовала его прежние политические отношения с соседями. Наследием периода независимости было сохранение дипломатической практики, при которой северо-западные соседи Новгорода — Швеция и Ливония – поддерживали дипломатические отношения с Москвой через новгородских наместников великого князя.
В территориальном отношении Новгородская земля в эпоху Русского царства (XVI-XVII вв.) делилась на 5 пятин: Водскую, Шелонскую, Обонежскую, Деревскую и Бежецкую. Наиболее мелкими единицами административного деления в то время являлись погосты, по которым определялось географическое местоположение селений, производился подсчёт населения и их податного имущества.
Царствование Василия III
21 марта 1499 года сын царя Ивана III Василий был объявлен Великим князем Новгородским и Псковским. В апреле 1502 года Великим князем Московским и Владимирским и Всея Руси самодержцем, то есть стал соправителем Ивана III, а после смерти Ивана III 27 октября 1505 года — единоличным монархом.