В Федеральной налоговой службе ведомственный контроль за деятельностью территориальных налоговых органов осуществляется по двум направлениям: в сфере налогового администрирования и в сфере финансов.
Система ведомственного контроля в Федеральной налоговой службе двухуровневая. На федеральном уровне аудиторские проверки внутреннего аудита проводят отделы контроля налоговых органов Управления контроля налоговых органов и межрегиональных инспекций по федеральным округам. На региональном – отделы контроля налоговых органов управлений по субъектам РФ.
Существенное влияние на эффективность ведомственного контроля оказывает кадровое обеспечение. Чем выше квалификация проверяющего, чем он объективнее, тем лучше результат контроля.