Целью контроля за деятельностью органов исполнительной власти органами и должностными лицами самой системы исполнительной власти является обеспечение законности и дисциплины в экономической, социально-культурной, административно-политической, в том числе в правоохранительной, областях государственного управления за счет реализации собственных «внутренних» возможностей системы исполнительной власти.
С учетом специфики и роли в государственном управлении отдельных органов исполнительной власти контроль обычно подразделяется на:
общий;
ведомственный;
надведомственный.
К ведению общего контроля относится обследование деятельности различных органов исполнительной власти со стороны органов исполнительной власти общей компетенции: Правительства РФ, правительств республик, входящих в Российскую Федерацию, и других субъектов РФ, имеющих правительство, администраций краев, областей, иных субъектов РФ.
Контроль Правительства РФ за деятельностью органов исполнительной власти обусловлен прежде всего Конституцией РФ. Предоставленные Правительству РФ конституционные полномочия предполагают осуществление контроля за исполнением законодательства в области федерального бюджета; проведение единой финансовой, кредитной и денежной политики, единой государственной политики в области культуры, науки, образования и др.; осуществление мер по обеспечению обороны страны, государственной безопасности, реализации внешней политики.
Ведомственный контроль осуществляется внутри той или иной отрасли в отношении подчиненных органов и организаций всеми федеральными органами исполнительной власти отраслевой, межотраслевой и специальной компетенции. В структуре федеральных органов исполнительной власти, как правило, имеются специальные контрольно-ревизионные подразделения. Однако ведомственными контрольными полномочиями наделены и многие иные функциональные подразделения федеральных органов исполнительной власти. Ведомственные контрольные проверки осуществляются как в отношении органов, организаций и их должностных лиц на федеральном уровне, так и в субъектах РФ.
Надведомственный контроль осуществляется в отношении не находящихся к ним в ведомственной подчиненности органов и организаций со стороны органов межотраслевой компетенции и некоторых органов отраслевой компетенции, наделенных соответствующими контрольными полномочиями. К федеральным органам исполнительной власти, наделенным подобными надведомственными контрольными полномочиями, относятся Федеральная антимонопольная служба, Федеральная служба РФ по контролю за оборотом наркотиков, Федеральная служба по финансовым рынкам, а также многие федеральные службы и некоторые иные структурные подразделения, подведомственные Министерству внутренних дел РФ, Министерству природных ресурсов РФ, Министерству промышленности и энергетики РФ, Министерству сельского хозяйства РФ, Министерству транспорта РФ, Министерству финансов РФ, Министерству экономического развития и торговли РФ, Министерству юстиции РФ и др.
Надведомственные органы производят проверки, обследования деятельности органов, предприятий и учреждений по вопросам, относящимся к их компетенции. Они вправе давать проверяемым объектам обязательные указания об устранении обнаруженных в процессе контроля нарушений.
От надведомственного контроля следует отличать административный надзор, который состоит в проверке исполнения действующих в различных сферах и отраслях управления специальных норм и общеобязательных правил. Надзорные органы в отличие от контрольных вправе предупреждать и пресекать правонарушения, привлекать к ответственности виновных лиц, обладая для выполнения стоящих перед ними задач и функций соответствующими административно-властными полномочиями. В структуре федеральных органов исполнительной власти имеется ряд федеральных служб, осуществляющих надзор. Немало надзорных полномочий осуществляют и некоторые другие федеральные органы исполнительной власти.