На выходе каждого этапа решения проблемы должны быть четко сформулированы (разработаны) и обоснованы следующие положения:
1 -го этапа — цель исследования;
2-го этапа — концептуальная модель существующей системы;
3-го этапа — факт наличия проблемы и ее формулировка;
4-го этапа — дерево подпроблем и выводы об актуальности, важности и сложности проблемы в целом;
5-го этапа — концептуальная модель новой системы — средства решения проблемы;
6-го этапа — развернутый план (замысел) создания новой системы.
Хотя системный анализ и представляет собой методологию решения разнообразных (в первую очередь слабоструктурированных) проблем на основе системного подхода, все же данная методология опирается во многом на эвристические и другие плохо формализуемые методы. Поэтому необходимо помнить, что в настоящее время результаты применения системного анализа в значительной мере зависят от искусства исследователей и пока не могут характеризоваться высокой точностью и надежностью.