«Юдифь, покидающая палатку Олоферна»
В 1490 году во Флоренции появляется доминиканский монах Джироламо Савонарола, в проповедях которого звучал призыв к покаянию и отказу от грешной жизни. Боттичелли был заворожён этими проповедями, и даже, согласно легенде, наблюдал, как жгут его картины на костре тщеславия. С этих пор стиль Боттичелли резко изменяется, он становится аскетичным, гамма красок теперь сдержанная, с преобладанием тёмных тонов.
Особенно заметны изменения стиля при сравнении «Юдифи, покидающей палатку Олоферна» (1485—1490) с созданной приблизительно за двадцать пять лет до этого картиной на тот же сюжет.
В 1491 году Боттичелли участвует в работе комиссии по рассмотрению проектов фасада собора Санта-Мария-дель-Фьоре.
Единственной поздней картиной на светскую тему явилась «Клевета Апеллеса» (около 1495).