Служба функционально объединяет службу медицины катастроф Минздравсоцразвития России, службу медицины катастроф Министерства обороны Российской Федерации, а также силы и средства, предназначенные для ликвидации медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций МВД Российской Федерации, Министерства путей сообщения, других федеральных органов исполнительной власти.
Основой ВСМК является служба медицины катастроф Министерства здравоохранения и социального развития РФ.