Вторая научная революция произошла в конце XVIII—первой половине XIX в. Произошел переход от классической науки, ориентированной в основном на изучение механических и физических явлений, к дисциплинарно организованной науке. Появление таких наук, как биология, химия, геология и др., способствовало тому, что механическая картина мира перестает быть общезначимой и общемировоззренческой. Специфика объектов, изучаемых в биологии, геологии, требовала иных, по сравнению с классическим естествознанием, принципов и методов исследования. Биология и геология вносят в картину мира идею развития, которой не было в механистической картине мире, а потому нужны были новые идеалы объяснения, учитывающие идею развития. Отношение к механистической картине мира как единственно возможной и истинной было поколеблено.
Наука о жизни легализовала телеологию Аристотеля, вводя в свои рассуждения и аргументации понятие цели. Идеалы и нормы классической рациональности не выполнялись для наук о живом, так как изучение жизни включает эмоционально и ценностно окрашенное отношение к жизни самого исследователя.
Появление наук о живом подрывало претензии классической научной рациональности на статус единственной и абсолютной. Происходит дифференциация идеалов и норм научности и рациональности. Так, в биологии и геологии возникают идеалы эволюционного объяснения, формируется картина мира, не редуцируемая к механической.