Проявлением эволюции белковых молекул является регуляция активности ряда ферментов

Эволюционно древние ферменты регулируют свою активность на уровне транскрипции (обусловлено экспрессией участка генома, кодирующего структуру фермента). Например, орнитиндекарбоксилаза катализирует декарбоксилирование орнитина с образованием путресцина.

Эволюционно молодые ферменты обладают аллостерической регуляцией, что позволяет точно регулировать ферментативную активность с целью контроля за скоростью превращения субстрата в продукт в зависимости от клеточных потребностей. Например, фосфофруктокиназа катализирует превращение фруктозо-6-фосфата во фруктозо-1,6-дифосфат и кроме активного центра обладает еще 3 центрами с АТФ, НАДН и цитратом.