Вторичная структура обеспечивается не только водородными связями между основаниями цепей, но и ван-дер-Ваальсовыми силами взаимодействия между основаниями одной цепи, которые расположены друг над другом в виде
столбика монет.
Дополнительным фактором, удерживающим двойную спираль, является электростатическое взаимодействие между отрицательно заряженной нитью ДНК и положительно заряженными молекулами гистонов.
Две цепи двойной спирали разъединяются при разрушении указанных водородных связей. Факторами, ведущими к разрушению водородных связей, являются ионизация азотистых оснований при изменении рН, высокая температура.
При нагревании ДНК температура, при которой происходит раскручивание примерно половины спиралевидной структуры ДНК, называется температурой плавления (Тп). Потеря спиралевидной структуры ДНК называется денатурацией.
Третичная структура ДНК - суперспирализация (рис.14) — у эукариот присходит намотка цепей ДНК на гистон. Различают 5 видов гистонов — Н1 Н2a, Н2b, Н3, Н4. 4 вида гистонов (кроме Н1), каждая по две молекулы, образуют октеты, на которые наматывается участок ДНК из 140 пар оснований, совершая по 2 витка. Эти структуры называются нуклеосомы (шаровидные утолщения). Спирализованные участки молекулы ДНК неактивны, между ними располагается неспирализованный участок ДНК, связанный с гистоном Н1, это спейсерный участок, состоящий примерно из 50 пар нуклеотидов.