Кофермент Q или убихинон, существует в окисленной и восстановленной форме. По химической природе – это четырехзамещенный бензохинон, соединенный с изопреновым остатком (у человека 10), которые придают КоQ липофильность. По строению не является настоящим ферментом, т.к. не обнаружен апофермент. КоQ является более сильным окислителем, чем ФП, поэтому способен окислять ФПН2, при этом сам восстанавливается. На убихиноне атомы водорода распадаются на 2 протона и 2 электрона.