Командные файлы удобно использовать для выполнения каких-либо действий при регистрации пользователя в домене. Делается это с помощью вкладки "Profile" свойств пользователя домена.
Сами командные файлы скриптов должны находиться в сетевой папке Netlogon (для Win2k - это папка WINNT \ SYSVOL \ DOMAIN \ SCRIPTS) контроллера домена, доступ на чтение к которой должен быть у всех пользователей, проходящих регистрацию.